吕祖殿位于蓬莱阁景区宾日楼南侧,坐北朝南布局,由重门、正殿和东西两底组成,皆为庙宇式建筑。清光绪三年(1877年)知府贾湖、总兵王正起倡建。
正殿为三开间硬山结构,北壁与宾日楼联体,长9.04米,进深8.05米。殿内设高台神龛,中祀吕岩(吕洞宾)坐像,左右侍立药童和柳树精。
吕岩“寿”字碑位于正殿前明廊西端,面东而立。“寿”字草书,笔力雄健,盘郁苍劲,碑下款署“光绪甲申仲冬勒于蓬莱丹崖之吕祖阁志斋郑锡鸿谨摹”。江西九江烟水亭纯阳殿“寿”宇碑之“寿”字,与此一般无二,当即为摹者所据。九江碑上尚有篆书“九转丹成”4字,意草书“寿”宇系草书“九转丹成”4宇拼合而成。
吕祖殿东有黄克缵《东牟观兵夜宴蓬莱阁》诗刻石、姚延槐“海天一色”碑等文物。